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生物芯片

ScanAlyze 2.51	進行微陣列熒光圖像分析，包括半自動定義格柵與像素點分析。輸出為分隔的文本格式，可很容易地轉(zhuǎn)化為任何數(shù)據(jù)庫。
TreeView 1.60	用圖形來顯示Cluster軟件分析的結(jié)果，用來發(fā)表。
ArrayMaker 2.6	美國stanford大學Brown實驗室提供的基因芯片研究全套設(shè)備相配套的軟件與文檔。
J-Express pro 2012	是一個用JAVA語言寫的應(yīng)用程序，用來分析微陣列（microarray）實驗獲得的基因表達數(shù)據(jù)。
MAExplorer Version 0.96.34.01	是一個基于JAVA程序的微陣列數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)采集軟件，用來幫助發(fā)現(xiàn)和癌癥、疾病相關(guān)的調(diào)節(jié)基因，可進行各種微陣列數(shù)據(jù)分析工作，直接鏈接到網(wǎng)上的各種基因組數(shù)據(jù)庫。
FreeView和FreeOView	基于JAVA語言的系統(tǒng)樹生成軟件，接收Cluster生成的數(shù)據(jù)，比Treeview增強了某些功能。
dchip 2010.01	DNA芯片分析軟件。
SAM 4.01	Significance Analysis of Microarrays 的縮寫，微陣列顯著性分析軟件，EXCEL軟件的插件，Stanford大學編制。
BRB-ArrayTools 4.5.0 b1	顯示和統(tǒng)計分析DNA微陣列基因表達數(shù)據(jù)軟件包。
AMIADA 2.0.7	是Analysis of Microarray Data的縮寫，是一個集成軟件，用來組織、研究、顯示、分析微陣列(Microarray)數(shù)據(jù)。
GalFileGenerator v1.2	數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換軟件，將96孔板文件轉(zhuǎn)換為384孔板文件，將384孔板文件轉(zhuǎn)換為GAL文件。
cluster 3.0 20141007	日本學者編寫的cluster軟件的增強版，增加了K-Means算法，以尋找最佳聚類結(jié)果。
GenePattern 3.9.4	MIT學者用JAVA語言編寫的表達分析高級生物醫(yī)學分析軟件平臺。
GenMAPP-CS 0.2	將基因表達微陣列數(shù)據(jù)進行分析并圖形化顯示軟件。
MADAM v4.1	MicroArray DAta Manager的縮寫，微陣列數(shù)據(jù)管理器，用來將數(shù)據(jù)輸入為交互數(shù)據(jù)庫格式，并對數(shù)據(jù)進行管理。
Spotfinder v3.2.1	快速分析微陣列圖像工具軟件，定量化基因表達結(jié)果并輸出為TAV格式、EXCEL格式或數(shù)據(jù)庫格式。
MIDAS 2.22	微陣列數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)，Microarray Data Analysis System的縮寫，對各種微陣列數(shù)據(jù)進行標準格式轉(zhuǎn)換，輸出格式為TAV格式。
MeV 4.9	MultiExperiment Viewer的縮寫，通用微陣列分析工具，運用各種算法對格式化好的微陣列數(shù)據(jù)進行聚類、統(tǒng)計、顯示、分析。
Java Treeview 1.1.6r4	一個開放源代碼的微陣列數(shù)據(jù)顯示軟件。Java語言寫成。
EXPANDER 7.0	(EXpression Analyzer and DisplayER)的縮寫�；虮磉_與顯示軟件包。用JAVA語言寫成，可對微陣列數(shù)據(jù)進行聚類分析、顯示及處理。
OligoArray 2.1.3	用于基因組規(guī)模微陣列的寡核苷酸探針設(shè)計軟件。
BAGEL 4.1.1	Bayesian Analysis of Gene Expression Levels的縮寫，微陣列數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析軟件。
CAGED 1.1	是Cluster Analysis of Gene Expression Dynamics的縮寫，基因表達數(shù)據(jù)分析軟件。
GAAS 1.0.0.1	是Gene Array Analyzer Software的縮寫，大規(guī)�；虮磉_數(shù)據(jù)分析、顯示與儲存軟件。
NIA Array Analysis Tool 2.0	微陣列基因表達數(shù)據(jù)統(tǒng)計軟件。
數(shù)個芯片數(shù)據(jù)分析小程序	standford大學一位教授寫的數(shù)個芯片數(shù)據(jù)分析小程序。包括AACK : Add Annotation；CCACK : Constant Cutoff Analysis；FLICK : File Linker；FRICK : Filter/Retrieve IDs；GACK : Genomotyping Analysis；GODACK : Good Data；HIMACK : Histogram Maker；LACK : Lexical Analysis；ALACK: Automated LACK；NACK : Name Averaging；REDUCK : Remove Duplicates；Samster : SAM to Cluster；COP : Competition Plotter；LD50 Calculators；DRACK : Differential Restriction Analysis；FOCK : Frequency of Oligos；LOCK : Locater of Oligos；Motif Search，還包括源程序。
UCSF Spot 2.1	另一個微陣列掃描圖像分析軟件。
ArrayMiner 5.3簡易版	微陣列數(shù)據(jù)分析軟件的簡易版，使用有限制。
Venn Mapper 1.01	比較非同源微陣列數(shù)據(jù)軟件。
MAIA 2.75 Demo	微陣列圖像分析軟件。
MAGIC Tool 2.1	微陣列數(shù)據(jù)圖像分析軟件。
Array Tools 3.3	微陣列數(shù)據(jù)處理excel插件
GENOM 2005 3.42	分析微陣列實驗數(shù)據(jù)軟件。
Mayday 2.14	顯示、分析、儲存微陣列數(shù)據(jù)的軟件平臺
ChipInspector 2.1	芯片微陣列數(shù)據(jù)分析軟件
OligoWiz 2.3.0	DNA微陣列寡核苷酸設(shè)計的客戶端軟件
ENIGMA 1.1	從擾動微陣列數(shù)據(jù)分析基因表達模塊軟件。JAVA語言寫成，運行需要java環(huán)境。
PermutMatrix 1.9.3	基因表達微陣列數(shù)據(jù)分析軟件。
KegArray 1.2.4	微陣列數(shù)據(jù)分析軟件。
Correlate 1.03	Excel插件，用來進行兩組基因組數(shù)據(jù)組稀疏典型相關(guān)性統(tǒng)計分析。
Picky 2.20 demo	Oligo Microarray設(shè)計和分析軟件。
ParaSAM	并行微陣列數(shù)據(jù)顯著性分析軟件。
VIZARD 1.2	分析和顯示Affymetrix基因芯片數(shù)據(jù)軟件。
COCAS V2.4	染色質(zhì)免疫沉淀基因芯片分析ChIP-on-chip軟件包。
ArrayCluster 1.0	微陣列基因表達數(shù)據(jù)分析軟件
GProcesser 3.0	GenePix 數(shù)據(jù)分析軟件
	以上軟件，除特別注明外，均在生物軟件DVD光盤1中。