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進(jìn)化樹(shù)分析

PAUP	PAUP（簡(jiǎn)約法和其他方法的親緣分析）是由簡(jiǎn)約法、最大似然法和距離法用于親緣分析的程序，為系統(tǒng)發(fā)育分析提供一個(gè)簡(jiǎn)單的，帶有菜單界面的，與平臺(tái)無(wú)關(guān)的，擁有多種功能（包括進(jìn)化樹(shù)圖）的程序。本站提供正版PAUP軟件代購(gòu)服務(wù)，詳情請(qǐng)進(jìn)。
WINIPAUP 1.0	PAUP軟件WINDOWS介面軟件。
Phylip 3.695	進(jìn)行進(jìn)化樹(shù)分析。它可以分析DNA與蛋白序列，限制位點(diǎn)等，并可繪制進(jìn)化樹(shù)。程序含有許多選項(xiàng)可以精確控制與分析。
TreeView 1.6.6	是用來(lái)生成與打印進(jìn)化樹(shù)的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進(jìn)化樹(shù)格式文件，生成進(jìn)化樹(shù),并輸出到打印機(jī)�！�
GeneTree 1.3	是用來(lái)比較基因與種系進(jìn)化樹(shù)的程序。
NDE 0.5.0	NDE是用來(lái)編輯NEXUS格式文件的程序，見(jiàn)上TREEVIEW。
TreeMap 3.0b	用來(lái)可視地比較主、從進(jìn)化樹(shù)。
Phyltools 1.32	是Phylogenetic Computer Tools的縮寫，是一個(gè)與進(jìn)化樹(shù)軟件Phylip共同使用的軟件，用來(lái)計(jì)算與處理進(jìn)化樹(shù)數(shù)據(jù)的軟件，包括RFLP、RAPD與AFLP數(shù)據(jù)。
tree-puzzle 5.2	核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建工具。根據(jù)序列數(shù)據(jù)的最大相似性構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)，可對(duì)大量數(shù)據(jù)進(jìn)行快速分析構(gòu)建，程序還包含數(shù)個(gè)統(tǒng)計(jì)測(cè)試。解壓后，有詳細(xì)使用手冊(cè)及程序源代碼。
Archaeopteryx 0.9813	是一個(gè)Java語(yǔ)言編寫的工具，用來(lái)顯示"New Hampshire"與NHX格式的進(jìn)化樹(shù)文件。
TREECON 1.3b Demo	是一個(gè)主要用來(lái)構(gòu)建和繪制進(jìn)化樹(shù)的軟件包，還可進(jìn)行序列距離評(píng)估計(jì)算、文件格式轉(zhuǎn)換等工作。演示版不能打印與存儲(chǔ)，只能配合截圖工具使用。
COMPONENT 2.0	分析進(jìn)化樹(shù)免費(fèi)軟件。
NJplot 2.4	一個(gè)小巧的顯示進(jìn)化樹(shù)的免費(fèi)軟件。
MEGA 5.2.2	免費(fèi)分子進(jìn)化遺傳分析軟件，也是文獻(xiàn)中經(jīng)常用到的軟件。該版本對(duì)使用界面做了優(yōu)化，并有多種統(tǒng)計(jì)學(xué)算法。
TreeSAAP 3.2	(Selection on Amino Acid Properties的縮寫)蛋白序列進(jìn)化分析軟件。
mesquite 2.75	進(jìn)化分析軟件，JAVA語(yǔ)言寫成需要安裝java環(huán)境。
PAL 1.51	Phylogenetic Analysis Library的首字母縮寫，進(jìn)化分析java程序庫(kù)。
Vanilla 1.2	使用PAL編寫的進(jìn)化分析命令行程序。
SplitsTree 4.13.1	JAVA程序編寫的分析和顯示進(jìn)化數(shù)據(jù)軟件。需要安裝TCL/TK程序方可運(yùn)行。
TCS 1.21	JAVA程序所寫的進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)分析軟件。
GEODIS 2.6	進(jìn)化分析軟件。
RDP 4.46 Beta	重組分析軟件。
FastME 2.0.7	非�？焖倬_的進(jìn)化樹(shù)軟件。
T-REX 4.01	進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建分析軟件。
FSTAT 2.9.3.2	基因差異分析軟件。
ProfDist 0.9.9Beta	構(gòu)建大進(jìn)化樹(shù)軟件。
STC 1.2	新的算法構(gòu)建進(jìn)化分析軟件。
PVT	Phylogenetic Visualization tool，進(jìn)化樹(shù)顯示工具。
PHASE 2.0	PHylogenetics And Sequence Evolution的縮寫，序列進(jìn)化分析軟件。
BAMBE 4.01a	Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的縮寫，分子生物進(jìn)化分析軟件。
jMODELTEST 2.1.7	核苷酸替換DNA進(jìn)化最優(yōu)模型分析軟件。
ModelPie 1.01	MODELTEST 的WINDOWS圖形操作介面軟件。
Clann 3.2.2	以色列科學(xué)家編寫進(jìn)化樹(shù)分析軟件。
Phylogenetic Independence 2.0	進(jìn)化獨(dú)立性分析軟件。
Jevtrace2 v3.16	需要到原始網(wǎng)站注冊(cè)。JAVA語(yǔ)言寫的進(jìn)化分析軟件。
NimbleTree 2.6	需要到原始網(wǎng)站注冊(cè)注冊(cè)下載，建立進(jìn)化樹(shù)軟件。
Phyl-O-Gen 1.1	構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)軟件。
BEAST 2.2.1	貝葉斯進(jìn)化分析軟件。
MESA 1.9.23	(MacroEvolutionary analysis and SimulAtion) 宏進(jìn)化分析和模擬軟件。
TreeJuxtaposer 2.1	進(jìn)化樹(shù)比較分析軟件，JAVA語(yǔ)言編寫。
TreeExplorer 2.12	進(jìn)化樹(shù)繪制顯示軟件。
TreeMe 07/2008	進(jìn)化樹(shù)生成和顯示軟件。
DNATREE 1.3	DNA序列進(jìn)化分析軟件。
Genie 3.0	(Genealogy Interval Explorer)系譜間隔分析軟件，用于病毒基因或其它序列數(shù)據(jù)的進(jìn)化分析。
Pebble v1.0	進(jìn)化分析軟件；
ArboDraw 2006	進(jìn)化樹(shù)繪圖軟件
MrBayes 3.2.5	進(jìn)化樹(shù)分析軟件；
Network 4.613	進(jìn)化樹(shù)生成軟件；
PhyDE 0.9971	進(jìn)化數(shù)據(jù)編輯器；
PRAP 2.0b3	Parsimony ratchet分析軟件
PPG 1.2.0	制作系統(tǒng)發(fā)育圖譜軟件。
CopyCat 2.03	聯(lián)合進(jìn)化樹(shù)分析工具
Dendroscope 3.2.10	大進(jìn)化樹(shù)顯示軟件
TreeGraph 2.4.0-456 beta	進(jìn)化樹(shù)圖編輯軟件
SeqState 1.41	進(jìn)化DNA數(shù)據(jù)的引物設(shè)計(jì)序列統(tǒng)計(jì)軟件
CDTree 3.1	蛋白序列進(jìn)化樹(shù)分析繪圖軟件。
TreeDyn 198.3	進(jìn)化樹(shù)分析動(dòng)態(tài)作圖標(biāo)記軟件。
Baobab 3.31	Java語(yǔ)言編寫的大進(jìn)化樹(shù)編輯軟件。
Bosque 2.0 alpha	增加圖形化進(jìn)化分析軟件。
DoubleTree 0.7	比較兩個(gè)系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)軟件。
figtree 1.4.2	進(jìn)化樹(shù)圖像顯示軟件。
DensiTree 2.2.1	進(jìn)化樹(shù)集定量分析，后驗(yàn)分布顯示工具軟件。
Leaphy 1.0	大相似算法maximum likelihood (ML)分析進(jìn)化樹(shù)軟件。
Phylodendron 0.8d	進(jìn)化樹(shù)繪制軟件。
RASP 3.2	系統(tǒng)發(fā)育祖先性狀重構(gòu)軟件
	以上軟件，除特別注明外，均在生物軟件光盤DVD2中。