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序列比對綜合分析

Geneious 8.0.3	序列綜合分析軟件；
MACAW 2.05	多序列構(gòu)建與分析軟件。
Clustal W 2.1	用來對核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比對（multiple sequence alignment）的軟件。
FASTA 36.3.6f	。將一條序列與另一條序列進(jìn)行比較或在數(shù)據(jù)庫中查找同源序列并輸出。
BLAST+ 2.2.28	分成五個不同的程序，分別為：blastp(提交蛋白質(zhì)序列，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中查序列)、blastn(提交核酸序列，在核酸序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列) blastx(提交核酸序列，在蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列)、tblastn (提交蛋白質(zhì)序列，在核酸序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列)、tblastx(提交核酸序列，在核酸序列數(shù)據(jù)庫中查找同源序列)。
SeqPup 0.9	SeqPup是生物分子序列編輯與分析軟件。
K-Estimator 6.1v	當(dāng)對兩個核酸序列進(jìn)行比對時，K-Estimator用來評估兩者核苷酸替代數(shù)（趨異性），包括蛋白編碼區(qū)與非蛋白編碼區(qū)。
BioEdit 7.2.1	BioEdit是一個序列編輯器與分析工具軟件。7.0.1中文漢化版。
DAMBE 5.3.48	綜合性序列分析工具軟件。
SeaView 4.4.2	圖形化多序列比對編輯器。
Jalview 2.8	Jalview為用Java語言寫的多序列比對編輯器。
DNASIS Max 3.0 Trail	綜合性低級結(jié)構(gòu)分析軟件，包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)分析。
Genamics Expression 1.1 演示版	是一個DNA與蛋白序列分析工具。
Vector NTI Viewer 4.0.1	雖然只是一個載體查看軟件，但其功能易用方便。
Jellyfish 3.3.1	這只水母不簡單，可以用來進(jìn)行DNA翻譯，序列比對，限制酶消化，提交序列進(jìn)行BLAST，研究項(xiàng)目管理等。
ProSeq 3.5	PROcessor of SEQuences的縮寫，是一個核酸序列編輯與種群遺傳學(xué)分析軟件。
SMS 2	為Sequence Manipulation Suite的縮寫，是DNA與蛋白序列分析與格式化在線工具的集合。
Staden 2.0.0b9	Staden軟件包是UNIX系統(tǒng)下的非常有名的綜合序列裝配、編輯、分析軟件包，此為最新開發(fā)的WINDOWS版。
ISYS v1.35	NCGR(National Center for Genome Resources) 開發(fā)的用JAVA語言寫成的數(shù)個不同類生物信息軟件與數(shù)據(jù)庫的軟件集合平臺ISYS。
PhyloGrapher（2003.4.3）	用來顯示與研究相類似的基因與蛋白序列之間的進(jìn)化關(guān)系的軟件。
Vector NTI Advance 11.5.2 Demo	綜合性蛋白核酸分析工具包，非常有名。
SeWeR 3.0	基于WEB的常用序列分析工具集。
WinBlast v.0.2.0	免費(fèi)的NCBI BLAST程序windows界面程序。
SeqVISTA 1.81	java語言編寫的核酸或蛋白序列圖像顯示、比對軟件。
GENOME EXPLORER 1.0b	Java語言編寫的生物信息學(xué)綜合工具軟件。
PowerBlast 1.2.0	序列比較分析軟件Blast的擴(kuò)展軟件，由作者華中農(nóng)業(yè)大學(xué)張巨源授權(quán)提供。
JAligner 1.0	基于Smith-Waterman算法的序列比對軟件，JAVA語言寫成。
DNAMAN 8.0 Demo	多功能綜合序列分析軟件演示版，可免費(fèi)使用一段時間。軟件購買價格789美元。
CLC Sequence Viewer 7.5	免費(fèi)的生物信息學(xué)綜合軟件。
MAFFT 7.205	多序列比對軟件。
Exonerate 2.2	多序列比對軟件。
Lalnview 3.0	雙序列比對圖形顯示軟件；
NeoBio 1.0 pre-alpha	序列比對java軟件；
STRAP 20140609版	多序列比對交互軟件
Mauve 2.3.1	基因組比對軟件；
Laj 070222	用來處理、顯示比對結(jié)果的軟件；
YASS v1.14	本地序列比對工具軟件。
Utopia 1.4.5	包括三維顯示軟件Ambrosia和比對結(jié)果顯示軟件cinema的軟件；
MolQuest trial 2.4.5	生物信息學(xué)工具軟件包；
GENtle 1.9.4	免費(fèi)的DNA和蛋白序列編輯管理軟件
Align-m v2.3	多序列比對軟件
QAlign 2.10	多序列比對與編輯軟件
seqtools v. 8.4.071	核酸蛋白序列編輯分析軟件
CGViz 1.3.5	生物分子數(shù)據(jù)查看軟件
BioSeqAnalyzer 1.0 demo	簡單生物序列分析工具
Topali 2.5	多序列比對統(tǒng)計(jì)和進(jìn)化分析軟件
IGV 2.3.40	顯示分析多種類型的遺傳數(shù)據(jù)軟件
EMBOSS 6.6.0	開放源代碼的序列分析軟件包
Biskit 2.4.0	結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)Python平臺
geWorkbench 2.5.1	JAVA語言開發(fā)的生物信息學(xué)工作平臺軟件
SnS-Align	簡單的結(jié)構(gòu)和序列比對軟件
UGENE 1.15	綜合生物信息學(xué)工具軟件
CHROMA 1.0	多序列比對注釋軟件
Recco 0.93	重組和突變相關(guān)比對分析軟件
bioxm 2.6	用于DNA序列資料的常規(guī)分析軟件
SEQWAN 2.0	序列分析工具blast+ 、muscle和blat圖形界面程序
Sequlator 2013	免費(fèi)多序列比對編輯器
ngKLAST 4.5	BLAST 工具軟件
Chipster 3.6	高通量生物數(shù)據(jù)分析軟件
	以上軟件，除特別注明外，均在生物軟件DVD光盤2中。